Rayados ya tendría proyecto y entrenador para el próximo torneo, la directiva consiguió convencer a Javier Aguirre para tomar las riendas del club, esto luego de la destitución de Antonio Mohamed tras su eliminación del Guard1anes 2020.
Los rumores que circulaban alrededor del banquillo de Rayados eran demasiados, en la agenda circulaba el nombre de Dunga, Quique Setién y hasta de Nacho Ambriz, pero fue el 'Vasco' quien terminaría por ganar la partida.
Dicha contratación significaría la tercera etapa del entrenador mexicano en la Liga MX, esto significa que volverá a pisar suelo nacional luego de 24 años desde el momento en el que debutó. Se ha encargado de dirigir al Atlante y a Pachuca.
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Su primera aventura en los banquillos del futbol mexicano se dio en 1996 cuando asumió la responsabilidad de dirigir al Atlante luego de la destitución de Ricardo La Volpe. Consiguió salvar a los 'Potros' del descenso, para posteriormente retirarse temporalmente e ir a tomar un curso de dirección técnica en España.
Volvió a México dos años después para poner a prueba sus aprendizajes con los 'Tuzos' del Pachuca, club en el que estuvo de enero de 1999 a mayo de 2001, situación que le permitió convertirse en entrenador de la Selección Mexicana de cara a Corea Japón 2002.
Tras su llegada rescató a los hidalguenses de una serie de malos resultados, camino que logró recomponer para comenzar a consolidar su carrera como estratega. Logró llegar a dos finales, primero en el Invierno 99 donde derrotó a Cruz Azul y posteriormente en el Verano 2001 donde cayó con Santos Laguna.
De acuerdo con los registros de la Liga MX, el 'Vasco' dirigió un total de 100 encuentros, considerando Liga MX y Liguilla, que se resumen en 40 victorias, 26 empates y 34 derrotas.